Протечка в вашем случае может быть двух видов: первое - затекание с кровли по шву или по самому шву, второе - образование конденсата в больших полостях за герметизированной частью шва. Необходимо: устранить протечку, установив сандрик на парапете и проделать качественную герметизацию по возможности заполнить глубинные пустоты монтажной пеной.